Pierwszy drewniany kościół w Grodnie nakazał wybudować książę litewski Witold (Vytautas) w 1389 r. W związku z tym, że był on pierwszym fundatorem kościoła, świątynię nazywa się również farą Witoldową. Była to najstarsza katolicka świątynia w Grodnie. Na przestrzeni lat była wielokrotnie niszczona przez pożary, jednak za każdym razem ją odbudowywano.

Król Stefan Batory zlecił budowę nowej, murowanej budowli. W latach 1584-1587 powstała ceglana świątynia w stylu postgotycko-manierystycznym, prawdopodobnie według projektu włoskiego architekta Antonio Greppi del Ronco. Po zakończeniu budowy kościoła murowanego rozebrano wcześniejszą drewnianą świątynię. 

Kościół był wielokrotnie niszczony i przebudowywany aż do XVIII w. Po rozbiorach, w 1804 r., władze rosyjskie przekazały kościół prawosławnym, którzy przebudowali go w stylu klasycystycznym i przekształcili w sobór. Po pożarze w 1892 r. dokonano kolejnej przebudowy w stylu rosyjsko-bizantyjskim, niszcząc większość pierwotnych cech budowli z XVI w. 

W 1919 r. świątynia wróciła do katolików i została kościołem garnizonowym. Po pożarze w 1920 r. podjęto nieudaną próbę przywrócenia jej dawnego wyglądu, dlatego w latach 1930-1936 przeprowadzono kolejną przebudowę przywracając świątyni jej gotycki charakter i częściowo odsłaniając renesansowe freski. 

W 1941 r. niemiecka bomba uszkodziła dach i okna kościoła. Po II wojnie światowej został zamknięty przez władze sowieckie i zamieniony w magazyn, co przyspieszyło jego degradację, a w 1961 r. podjęto decyzję o jego rozbiórce. 29 listopada 1961 r. jednostka saperów z Leningradu wysadziła kościół w powietrze.