12 września spadły pierwsze pociski na kościół Świętej Trójcy wybudowany w 1771 r. według projektu Bogumiła Zuga. Cztery dni później nad Warszawę nadleciały niemieckie samoloty, które zrzuciły bomby zapalające. Pożary wybuchły między innymi na Dworcu Głównym, w szpitalu PCK czy elektrowni. Zapaliła się drewniana więźba kościelnej kopuły, zaś eksplozja i temperatura zniszczyły znajdujące się w kościelnych oknach kolorowe witraże. 

Proboszcz August Loth zdążył uratować część ruchomego wyposażenia: księgi oraz naczynia liturgiczne. Płonące krokwie zaczęły spadać do wnętrza świątyni podpalając drewniane empory i ławki kościelne. W momencie, gdy ogień i temperatura wzrosły tak, że uniemożliwiły jakąkolwiek akcję ratowniczą proboszcz Loth stał przed kościołem i czytał na głos starotestamentową Księgę Lamentacji Jeremiasza. Położona w centrum Warszawy budowla paliła się niczym gigantyczny znicz przez co najmniej dwa dni.  

Według powojennej oceny Biura Odbudowy Stolicy zniszczeniu uległo 70% architektonicznej substancji budynku. Już w 1945 r. parafianie podjęli energiczną, społeczną akcję odbudowy, którą w 1951 r. przerwali komuniści. Decyzją władz odebrano budynek luteranom i przekazano na własność Ministerstwu Kultury i Sztuki. Nazwany rotundą były kościół zaczęto przebudowywać z przeznaczeniem na kameralną salę koncertową. 

Na fali październikowej odwilży w 1956 r. wierni odzyskali budynek. Na kościelną latarnię powrócił krzyż (wyznaczający w planach Williama Lindleya – geodezyjny środek miasta), ustawiono ołtarz, a jednocześnie kontynuowano prace wykończeniowe. Odbudowany kościół poświęcono na nowo w 1958 r. 

Każdego roku, w dniu 16 września w kościele eksponowane są nadpalone fragmenty więźby dachowej, materialne świadectwo wojennej katastrofy. 

Dla spragnionych wiedzy: 

Maria Kwiatkowska, Kościół Ewangelicko – Augsburski, Warszawa 1982 

Ewangelicki Kościół Świętej Trójcy w Warszawie, oprac. zbiorowe, Bielsko – Biała 2017