Klecki kościół został wzniesiony za rządów Kazimierza Jagiellończyka, ok. 1450 r. – jako jedna z pierwszych katolickich świątyń na terenie obecnej Białorusi. Został ukończony dzięki ofierze ówczesnej fundatorki probostwa-Królowej Bony, żony Zygmunta I Starego. 

Pod koniec lat 50. XVI w. został przekształcony w kościół kalwiński przez wojewodę wileńskiego, Mikołaja Radziwiłła Czarnego. W II połowie XVI w. został przebudowany według projektu włoskiego architekta, Jana Marii Bernardoniego. Kanclerz wielki litewski, Albrycht Stanisław Radziwiłł zwrócił świątynię katolikom. Po ponownym poświęceniu w 1607 r., chorąży wielki litewski – Michał Karol Radziwiłł nadał kościołowi fundusz wieczysty. 

Murowana świątynia z XVI w. w Klecku została wybudowana w stylu gotycko-renesansowym na planie równoległoboku. Ścianę frontową budowli zdobiła statua Jezusa Nazareńskiego. We wnętrzu kościoła znajdowało się łącznie siedem ołtarzy. Na Wielkim ołtarzu widniał obraz Trójcy Przenajświętszej. W bocznych ołtarzach natomiast umieszczone były obrazy z wizerunkami: Ukrzyżowanego Chrystusa, Marii Panny (słynący z łask), Św. Mikołaja, Św. Anny oraz Św. Tadeusza Apostoła. 

Pierwszych zniszczeń kościół doznał w trakcie I wojny światowej (1914-1918). Podczas wojny polsko-bolszewickiej w 1920 r. pocisk artyleryjski zniszczył dzwon na jej wieży. Kres budowli przypadł na lata 50. XX w. kiedy na polecenie władz sowieckich świątynia została wysadzona w powietrze. Zachował się jedynie fragment jej narożnika.