Instytut Strat Wojennych, kierując się statutową misją działań naukowych i popularyzatorskich, nawiązuje współpracę z muzeami, w których spectrum działania znajdują się m.in. dzieje ziem dawniej przynależnych do Rzeczpospolitej. 

Należy do nich np. Muzeum im. ks. Stanisława Staszica w Hrubieszowie oraz Muzeum Kresów w Lubaczowie. Podpisane z tymi placówkami porozumienia są początkiem dalszej współpracy naukowo-badawczej oraz wystawienniczej, skierowanej na upowszechnianie wiedzy o stratach tożsamościowych, majątkowych i ludzkich, poniesionych w wyniku sowieckiej i niemieckiej agresji na Polskę.